La iglesia se levantó junto a una parroquia con muros de tapia y techo de paja en 1571 y su obra terminó a principios del siglo XVII. Su diseño estuvo a cargo del arquitecto Jorge Guzmán y el maestro Fermín Taipe. Se le considera una de las más antiguas estructuras de Quito. El edificio es de planta rectangular con cúpula trapezoidal, su techo es de cañas y barro de tres paños con varios tirantes de madera. Según Lope de Atienza, vicario y administrador general de la ciudad y obispado de Quito en 1583, el financiamiento de la obra salió de las limosnas que pagaban sus feligreses indios y algunos parroquianos españoles que vivían a las afueras de la ciudad. San Blas fue parroquia de indios y ahora es un lugar muy visitado por personas de diferentes nacionalidades que admiran su belleza arquitectónica y sus trabajos artísticos.

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